Nella città metropolitana i fiumi scarseggiano e i laghi sono assenti del tutto. L'acqua però è presente nel sottosuolo a causa della natura estremamente carsica del terreno. Si formano così dei fiumi sotterranei (di cui tutta la Puglia è ricca) che scavano la roccia e creano delle grotte tra cui quelle più importanti e affascinanti di Castellana Grotte e di Curtomartino ad Acquaviva delle Fonti. L'acqua nel sottosuolo porta alla formazione di numerosi pozzi artesiani che soddisfano, seppure parzialmente, il problema dell'assenza in territorio di acqua potabile. Quest'ultima, infatti, arriva nelle case tramite l'acquedotto pugliese, tra i più lunghi d'Europa, che viene alimentato con acqua di fiumi campani e lucani.